Al comienzo de su carrera La Dra. Sonia Ortega se dedicó a la Biología Marina realizando investigaciones en las costas de Centro América. Luego hizo investigación aplicada relacionada al cultivo de ostras en la costa de Carolina del Norte. Actualmente trabaja para la Fundación Nacional de la Ciencia en Washington, D.C. donde desempeña el cargo de Directora del Programa GK-12. Este programa da fondos a las universidades para financiar a estudiantes de postrado en sus carreras de ciencia en ingeniería. Un elemento importante del programa es que entrena a los estudiantes a comunicar la ciencia al público en general y a llevar sus investigaciones y el conocimiento científico a estudiantes de escuelas primarias y secundarias.